Biskup František z Ditrichštejna zastavil v roce 1617 Hukvaldy na 6 let městu Příboru, v roce 1619 umístil zemský hejtman Ladislav Velen ze Žerotína na hrad stavovskou posádku. Hrad byl obsazen bez násilí. Úředníkem se stal Alexandr z Radějova, posádku tvořil prapor Hanáků.
V roce 1620 Příborští přepadli Hukvaldy a stavovskou posádku vyhnali. Poddaní složili přísahu věrnosti biskupovi, na hrad byl dosazen jako úředník Jiří Harasovský z Harasova. V říjnu 1621 ovládli panství Valaši, vedení Adamem z Víckova, a Uhři, kteří se v listopadu snažili hrad dobýt.
V roce 1623 opět zaútočili Valaši a také polští kozáci. Přestože hradní posádka měla málo kvalitní výzbroj, hrad se podařilo ubránit. Biskup natolik důvěřoval pevnosti hradu, že sem dal v roce 1639 uschovat olomoucký kostelní poklad se stavovskými a lenními knihami. Majitel sousedního frýdeckého panství, hrabě z Oppersdorfu, na Hukvaldy ukryl mobiliář frýdeckého zámku, podobně postupovala i řada dalších šlechticů, kteří se na hradě rovněž skryli.
Dánové a Švédové se o dobytí hradu ale vážněji nepokusili, švédský útok z roku 1643 posádka odrazila. Od počátku 18. století byl hrad již jen správním střediskem panství, trvale zde sídlil pouze hejtman, purkrabí, důchodní písař a čeleď. Do roku 1760 byl hrad centrem vrchnostenské správy, pak byly kanceláře a všechny úřady (kromě archivu a registratury) přeneseny do nově postaveného zámku v podhradí.
Pevnostní charakter hradu přispěl k tomu, že na hradě vzniklo vězení. Nebyli zde zadržováni jen provinilí poddaní, nejpozději v 16. století bylo na hukvaldském hradě vytvořeno vězení pro neposlušné kněze olomoucké diecéze. Hlavním důvodem uvěznění v této době byly odpady kněží od katolické víry a provinění mravního charakteru.
První zmínka o vězení pochází z roku 1559, kdy biskup Marek Khuen poručil hukvaldskému úředníku, aby dal kněze Prokopa do vězení „tu kdež prve vězni vsazováni bývali“. Hukvaldy byly určeny za kněžské vězení, protože byly nejpevnější z biskupských hradů, což potvrdil rozkaz biskupa z roku 1561, aby kněz Lukáš byl vězněn na Hukvaldech, protože tyto jsou líp zabezpečeny než zámek v Kroměříži.
Snad nejvíce známým hukvaldským vězněm byl olomoucký kanovník Jan Philopon Dambrowský. Ten se nejvíce „proslavil“ otrávením několika olomouckých biskupů. Na hradě byl vezněn v letech 1585 – 1587. Vězení sloužilo svému účelu ještě v první polovině 18. století, jeho zánik je spojen s přesunem úřednického aparátu do hukvaldského podhradí ve druhé polovině 18. století. Kněžské vězení pak bylo přemístěno na jiný biskupský hrad – Mírov.